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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas. |
Data corrente: |
24/10/2012 |
Data da última atualização: |
20/02/2015 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Autoria: |
RESENDE JUNIOR, M. F. R.; MUÑOZ, P.; RESENDE, M. D. V. de; GARRICK, D. J.; FERNANDO, R. L.; DAVIS, J. M.; JOKELA, E. J.; MARTIN, T. A.; PETER, G. F.; KIRST, M. |
Afiliação: |
M. F. R. RESENDE JUNIOR, UNIVERSITY OF FLORIDA; P. MUÑOZ, UNIVERSITY OF FLORIDA; MARCOS DEON VILELA DE RESENDE, CNPF; D. J. GARRICK, IOWA STATE UNIVERSITY; R. L. FERNANDO, IOWA STATE UNIVERSITY; J. M. DAVIS, UNIVERSITY OF FLORIDA; E. J. JOKELA, UNIVERSITY OF FLORIDA; T. A. MARTIN, UNIVERSITY OF FLORIDA; G. F. PETER, UNIVERSITY OF FLORIDA; M. KIRST, UNIVERSITY OF FLORIDA. |
Título: |
Accuracy of genomic selection methods in a standard data set of loblolly pine (Pinus taeda L.) |
Ano de publicação: |
2012 |
Fonte/Imprenta: |
Genetics, v. 190, p. 1503-1510, April 2012. |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
Genomic selection can increase genetic gain per generation through early selection. Genomic selection is expected to be particularly valuable for traits that are costly to phenotype and expressed late in the life cycle of long-lived species. Alternative approaches to genomic selection prediction models may perform differently for traits with distinct genetic properties. Here the performance of four different original methods of genomic selection that differ with respect to assumptions regarding distribution of marker effects, including (i) ridge regression–best linear unbiased prediction (RR–BLUP), (ii) Bayes A, (iii) Bayes Cp, and (iv) Bayesian LASSO are presented. In addition, a modified RR–BLUP (RR–BLUP B) that utilizes a selected subset of markers was evaluated. The accuracy of these methods was compared across 17 traits with distinct heritabilities and genetic architectures, including growth, development, and disease-resistance properties, measured in a Pinus taeda (loblolly pine) training population of 951 individuals genotyped with 4853 SNPs. The predictive ability of the methods was evaluated using a 10-fold, cross-validation approach, and differed only marginally for most method/trait combinations. Interestingly, for fusiform rust disease-resistance traits, Bayes Cp, Bayes A, and RR–BLUB B had higher predictive ability than RR–BLUP and Bayesian LASSO. Fusiform rust is controlled by few genes of large effect. A limitation of RR–BLUP is the assumption of equal contribution of all markers to the observed variation. However, RR-BLUP B performed equally well as the Bayesian approaches.The genotypic and phenotypic data used in this study are publically available for comparative analysis of genomic selection prediction models. MenosGenomic selection can increase genetic gain per generation through early selection. Genomic selection is expected to be particularly valuable for traits that are costly to phenotype and expressed late in the life cycle of long-lived species. Alternative approaches to genomic selection prediction models may perform differently for traits with distinct genetic properties. Here the performance of four different original methods of genomic selection that differ with respect to assumptions regarding distribution of marker effects, including (i) ridge regression–best linear unbiased prediction (RR–BLUP), (ii) Bayes A, (iii) Bayes Cp, and (iv) Bayesian LASSO are presented. In addition, a modified RR–BLUP (RR–BLUP B) that utilizes a selected subset of markers was evaluated. The accuracy of these methods was compared across 17 traits with distinct heritabilities and genetic architectures, including growth, development, and disease-resistance properties, measured in a Pinus taeda (loblolly pine) training population of 951 individuals genotyped with 4853 SNPs. The predictive ability of the methods was evaluated using a 10-fold, cross-validation approach, and differed only marginally for most method/trait combinations. Interestingly, for fusiform rust disease-resistance traits, Bayes Cp, Bayes A, and RR–BLUB B had higher predictive ability than RR–BLUP and Bayesian LASSO. Fusiform rust is controlled by few genes of large effect. A limitation of RR–BLUP is the assumption of equal contrib... Mostrar Tudo |
Palavras-Chave: |
Precisão. |
Thesagro: |
Pinus Taeda; Seleção Genética. |
Categoria do assunto: |
-- |
Marc: |
LEADER 02528naa a2200265 a 4500 001 1937733 005 2015-02-20 008 2012 bl uuuu u00u1 u #d 100 1 $aRESENDE JUNIOR, M. F. R. 245 $aAccuracy of genomic selection methods in a standard data set of loblolly pine (Pinus taeda L.)$h[electronic resource] 260 $c2012 520 $aGenomic selection can increase genetic gain per generation through early selection. Genomic selection is expected to be particularly valuable for traits that are costly to phenotype and expressed late in the life cycle of long-lived species. Alternative approaches to genomic selection prediction models may perform differently for traits with distinct genetic properties. Here the performance of four different original methods of genomic selection that differ with respect to assumptions regarding distribution of marker effects, including (i) ridge regression–best linear unbiased prediction (RR–BLUP), (ii) Bayes A, (iii) Bayes Cp, and (iv) Bayesian LASSO are presented. In addition, a modified RR–BLUP (RR–BLUP B) that utilizes a selected subset of markers was evaluated. The accuracy of these methods was compared across 17 traits with distinct heritabilities and genetic architectures, including growth, development, and disease-resistance properties, measured in a Pinus taeda (loblolly pine) training population of 951 individuals genotyped with 4853 SNPs. The predictive ability of the methods was evaluated using a 10-fold, cross-validation approach, and differed only marginally for most method/trait combinations. Interestingly, for fusiform rust disease-resistance traits, Bayes Cp, Bayes A, and RR–BLUB B had higher predictive ability than RR–BLUP and Bayesian LASSO. Fusiform rust is controlled by few genes of large effect. A limitation of RR–BLUP is the assumption of equal contribution of all markers to the observed variation. However, RR-BLUP B performed equally well as the Bayesian approaches.The genotypic and phenotypic data used in this study are publically available for comparative analysis of genomic selection prediction models. 650 $aPinus Taeda 650 $aSeleção Genética 653 $aPrecisão 700 1 $aMUÑOZ, P. 700 1 $aRESENDE, M. D. V. de 700 1 $aGARRICK, D. J. 700 1 $aFERNANDO, R. L. 700 1 $aDAVIS, J. M. 700 1 $aJOKELA, E. J. 700 1 $aMARTIN, T. A. 700 1 $aPETER, G. F. 700 1 $aKIRST, M. 773 $tGenetics$gv. 190, p. 1503-1510, April 2012.
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Registro original: |
Embrapa Florestas (CNPF) |
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Volume |
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URL |
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Registro Completo
Biblioteca(s): |
Embrapa Pecuária Sudeste. |
Data corrente: |
17/10/1996 |
Data da última atualização: |
23/08/2021 |
Autoria: |
COUTINHO FILHO, J. L. V.; PERES, R. M.; JUSTO, C. L.; ALENCAR, M. M. de; RAZOOK, A. G.; SILVA, L. R. M. da; SIQUEIRA, P. A. |
Afiliação: |
EMBRAPA-CPPSE, Sao Carlos, SP. |
Título: |
Estudo de algumas características fenotípicas relacionadas ao desempenho de tourinhos da raça Canchim em confinamento: 1. Desenvolvimento ponderal e polimorfismo para cor da mufla. |
Ano de publicação: |
1996 |
Fonte/Imprenta: |
Boletim de Indústria Animal, Nova Odessa, SP, v.53, n.único, p.7-10, 1996. |
Idioma: |
Português |
Notas: |
Resumo expandido. Publicado tambem por In: Reuniao Anual da Sociedade Brasileira de Zootecnia, 33, 1996, Fortaleza. Anais... Fortaleza: SBZ, 1996, v.1 p.158-160. |
Conteúdo: |
O objetivo do trabalho foi avaliar uma possivel associação entre polimorfismo para cor da mufla e desempenho de tourinhos Canchim. O trabalho foi realizado em dois locais diferentes. Na Fazenda São Jorge (Cedral-SP), foram utilizados 51 aimais inteiros da raça Canchim com médias de 20 meses de idade e 327 kg de peso vivo ao inicio do período, e classificados em 3 grupos em relação a cor de mufla (escura, rosada e pigmentação intermediaria). O mesmo procedimento for feito para 105 animais que estavam participando da prova de Ganho de Peso na Estação Experimental de Zootecnia de Sertãozinho (SP), iniciando a prova com 210 dias e terminando com 378 dias de idade. Os resultados mostraram que não existiu associação significativa entre os grupos com diferentes cores de mucosa e o ganho diário em regime de confinamento. |
Palavras-Chave: |
Cor da mufla; Gain of weight. |
Thesagro: |
Gado de Corte; Ganho de Peso; Polimorfismo. |
Thesaurus NAL: |
beef cattle; polymorphism. |
Categoria do assunto: |
-- |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/CPPSE/11241/1/PROCIMMA1996.00004.pdf
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Marc: |
LEADER 01931naa a2200289 a 4500 001 1043280 005 2021-08-23 008 1996 bl uuuu u00u1 u #d 100 1 $aCOUTINHO FILHO, J. L. V. 245 $aEstudo de algumas características fenotípicas relacionadas ao desempenho de tourinhos da raça Canchim em confinamento$b1. Desenvolvimento ponderal e polimorfismo para cor da mufla.$h[electronic resource] 260 $c1996 500 $aResumo expandido. Publicado tambem por In: Reuniao Anual da Sociedade Brasileira de Zootecnia, 33, 1996, Fortaleza. Anais... Fortaleza: SBZ, 1996, v.1 p.158-160. 520 $aO objetivo do trabalho foi avaliar uma possivel associação entre polimorfismo para cor da mufla e desempenho de tourinhos Canchim. O trabalho foi realizado em dois locais diferentes. Na Fazenda São Jorge (Cedral-SP), foram utilizados 51 aimais inteiros da raça Canchim com médias de 20 meses de idade e 327 kg de peso vivo ao inicio do período, e classificados em 3 grupos em relação a cor de mufla (escura, rosada e pigmentação intermediaria). O mesmo procedimento for feito para 105 animais que estavam participando da prova de Ganho de Peso na Estação Experimental de Zootecnia de Sertãozinho (SP), iniciando a prova com 210 dias e terminando com 378 dias de idade. Os resultados mostraram que não existiu associação significativa entre os grupos com diferentes cores de mucosa e o ganho diário em regime de confinamento. 650 $abeef cattle 650 $apolymorphism 650 $aGado de Corte 650 $aGanho de Peso 650 $aPolimorfismo 653 $aCor da mufla 653 $aGain of weight 700 1 $aPERES, R. M. 700 1 $aJUSTO, C. L. 700 1 $aALENCAR, M. M. de 700 1 $aRAZOOK, A. G. 700 1 $aSILVA, L. R. M. da 700 1 $aSIQUEIRA, P. A. 773 $tBoletim de Indústria Animal, Nova Odessa, SP$gv.53, n.único, p.7-10, 1996.
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Registro original: |
Embrapa Pecuária Sudeste (CPPSE) |
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